黄檗在洪州高安县鸶峰山建寺弘法，并改其名为黄檗山，往来学众云集，会昌二年(842年)裴休在钟陵(今江西)，迎请黄檗禅师上山，安置在龙兴寺，旦夕问道，并随录日常对话成集，为《钟陵绿》。大中二年(848年)裴休移镇宛陵(今安徽宣城县)，又请黄檗至开元寺，随时间道，并记绿为《宛陵绿》，即是现行的《传心法要》大中四年(850)圆寂于宛陵开元寺，赐谧号“断际禅师”，塔号。“广业”。有《语录》、《传心法要》问世。他的法嗣有临济义玄，睦州陈道明等十二人，以义玄为最。黄檗希运禅师开创了临济宗禅风。临济宗风最为强劲，其禅法特色，影响久远，成为中国禅宗中波及面最大、渗透力最强的宗派。 先游天台，后至上都（西安），行乞时，遇一老妪，问答之间，希运“玄门顿而荡豁”。老妪介绍他至江西参马祖道一。
唯说一心。千说万说只教人莫错用。“一心”，分别即魔，忘机即佛。今本州黄檗山上万福寺，有赵朴初会长写的对联：“万劫婆心，原来佛法无多子；福田种智，重见圆珠七尺身。”这是对禅师弹风的高度概括。黄檗婆心切，以打、骂、喝交加，截断学人情解，独树洪州禅风，经久不衰，具有独特的魅力和吸引力，特别是在日本，黄檗宗多次在万福寺举行会议，并成立中日临济黄檗协会，为当今中日两国人民的友谊架起了一座桥梁。黄檗禅师的功绩在佛教史上永远是熠熠生辉的。希运的禅学思想主要是继承马祖道一“即心即佛”的思想，而力倡“心即是佛”。他说：诸佛与众生，唯是一心，更无别法。此心无始已来，不曾生，不曾灭，不青不黄，无形无相。不属有无，不计新旧，非长非短，非大非小，超过一切限量、名言、踪迹、对待。当体便是，动念即差。
临济宗风峻烈，希运于此亦开启良多。他见地高拔时辈，自恃甚高，傲岸独立，雄视天下禅师，曾言：“大唐国内无禅师”，语惊四海。仰山慧寂曾评其禅法为“黄檗有陷虎之机”，因为希运之禅特别强调上乘根基的顿悟，他的禅门并不向中下根机者开启。他常对门下说：“若会即便会，若不会即散去。”有人问“如何是西来意”时，“师便打，自余施设，皆被上机，中下之流莫窥涯埃。”在接化学人方面，他完全承接由马祖发端的喝、打等手段。上堂示众云：“汝等诸人，……尽是吃酒糟汉，恁么行脚，取笑于人。但见八百一千人处便去，不可只图热闹也。”临济禅创立者义玄当年更衣游方，首参希运。《景德传灯录》中记载义玄在希运处得法的经过：初在黄檗，随众参侍。时堂中第一座勉令问话，师乃问：“如何是祖师西来意？”黄檗便打。如是三问，三遭打。