康熙十二年（1673年），正当俞益谟回到家乡“后选”之时，镇守云南的平西王吴三桂，举兵叛清自称“周王”。陕西提督王辅臣、固原道陈彭等同时宣布反清，与吴三桂南北遥相呼应。一时间，陕甘许多重要城池被反清军攻占，清朝在西北的统治岌岌可危。此时宁夏兵将大多调征四川，“留者什之一二，人情惶迫，众议纷纭。”俞益谟在康熙十四年（1675年），西北大局动摇的关键时刻，参加到宁夏总兵官陈福部下。在平定宁夏兵变的勘乱中表现忠勇，事平论功“授柳树涧堡守备，”成为清军一名下级军官。陈福死后，清廷任命天津总兵官赵良栋到宁夏处理善后，首任宁夏提督。康熙十九年（1680年），宁夏和整个西北大局平定以后，清廷命赵良栋率部入川对吴三桂叛军作战，俞益谟随赵从征。