绝意仕进朱之瑜生于大明万历二十八年十月十二日(即公元1600年11月17日),卒于明郑永历三十六年(清康熙二十一年)四月十七日未时(即公元1682年5月23日),出身官僚士大夫家庭。曾祖名诏,号守愚。祖父名孔孟,号惠翁,一生曾三让皇恩不受。父亲朱正,字存之,号定寰,皇明诏赠光禄大夫,上柱国,并授总督漕运军门,但未任。母亲金氏,生三子:长兄启明,一名之琦;次兄重林,一名之瑾;之瑜排行第三。朱之瑜八岁丧父后,家道中落,生活清贫,甚至影响其读书为学。长兄朱启明,天启五年(1625年)中武进士,后升任至南京神武营总兵,总督漕运军门。
德川光国 之所以能开创独树一帜、颇有成就的水户历史学派,是和朱之瑜多年的教育、熏陶分不开的。 朱之瑜在日执教,对水户藩和加贺藩影响最大。安积觉、今井弘济、小宅生顺等都是经德川光国介绍对朱之瑜执弟子礼的。加贺藩主前田纲纪也很敬重朱之瑜,执弟子礼,所以他的属臣均拜朱为师。加贺藩的属臣奥村庸礼 等人还把服部其衷、五十川刚伯、下川三省几个儒生介绍到朱的门下。后来安积觉、今井弘济、五十川刚伯、服部其衷、下川三省五人先后成了朱之瑜的近身弟子,并负起年事已高、不谙日语的老师的起居照料、侍奉,对外应酬、联系之责。这五位弟子中数安积觉日后成就最大,和德川光国一起成为日本水户学派的领袖人物。他13岁从师朱之瑜,接受蒙学。后因父亲病故回家奔丧而中辍学业。
朱之瑜在教育方面的特点是视中外为一体,以得天下英才而教育之为乐。他侨居日本20多年,接受的弟子不断增加,并曾公开讲学。他向日本弟子表示,“不佞于仲夏四国,本来一体为亲,凡遇英才,乐于奖进,”门弟子今井弘济和安积觉所撰《舜水先生行实》,记载了日本的硕儒和学生,时常登门求教,以及朱之瑜相与“讨论讲习,善诱以道”的情景。在讲学中他一方面肯定日本“才贤秀出”,可以为孔、颜,为尧舜;另一方面,他指出日本崇信佛教,圣(儒)教未兴,存在问题。依他看来,日本建国的大本在于敬教劝学,施政方面当务之急在于兴贤育才。他所提倡的忠君爱国思想,对于日本后来“尊王一统”的事业有一定的影响。朱之瑜“自幼食贫”,多能“鄙事”。
朱之瑜的学术博采众家所长,常谓“千金之裘,非集于一狐之腋”,博通经史,最喜《资治通鉴》,长于《春秋》;道德上,主张忠君爱国,推崇苏武、文天祥的伟大人格。正是这种不尚虚华的学风、扎实严谨的学问和刚直崇高的人格,他的学术于日本发扬光大,当时的日本学者以师事朱之瑜为荣,比拟为“七十子之事孔子”。他的学生遍布日本,最著名的有历史学家、《大日本史》的作者安东守约,日本儒学古学派的奠基人、江户时代著名哲学家伊藤仁斋,德川家康的孙子、政治家、儒学“水户学派”的始祖德川光国,江户时代著名经学家山鹿素行、木下顺斋等等。朱之瑜一生著述不甚多,但几乎全在日本所撰,有《朱舜水先生文集》、《安南供役纪事》、《阳久述略》、《释奠仪注》等等。他论学问,以实用为标准。